本醸造とはどういう意味ですか？

麹菌を育てて麹を作り、発酵・熟成させて作られた醤油、つまり昔ながらの作り方をしている醤油が本醸造です。

「二年醤油」は昔ながらの作り方を守る本醸造です。しかも長期熟成の天然醸造醤油です。